Schwerpunkte der Sammlungen sind Makrofossilien von Meerestieren sowie Gesteine mariner Entstehung. Dabei handelt es sich hauptsächlich um Material aus dem Ostseeraum - sowohl aus den hier anstehenden paläozoischen und mesozoischen Sedimenten als auch um pleistozäne Geschiebe von der vorpommerschen Küste. Außerdem werden charakteristische Sedimente vom Meeresboden und Strand sowie nutzbare Minerale und Gesteine vom Meeresboden und der Küste für künftige Ausstellungsvorhaben gesammelt. Auch ausgewählte attraktive Einzelobjekte von Fossilien hervorragender Qualität wurden besonders im Hinblick auf ihre spätere Präsentation erworben. Ein herausragendes Objekt dieses Sammlungsbereichs ist die Kalksteinplatte "fossiler Meeresboden", die am Beginn der Ausstellung präsentiert wird.