Biologische Sammlung
Die zielgerichtete marine Spezialisierung des Meeresmuseums spiegelt sich deutlich in der Entwicklung und Zusammensetzung seiner Sammlungen wider. Im Vordergrund stehen die umfangreichen biologischen Sammlungen, die sich auf folgende Gruppen konzentrieren: Meeressäugetiere, Meeres- und Küstenvögel, Meeresreptilien, Meeresfische, Mollusken, Hohltiere, Krebse, Schwämme, Stachelhäuter, Meerespflanzen. Weitere Schwerpunkte bilden die historische Meereskunde und Fischerei sowie Geologie und Paläontologie.
Neben diesen Sammlungsschwerpunkten werden gezielt Objekte der maritimen Philatelie, Kunst und Kultur und maritime Fotodokumente erworben. Spezifische Arbeiten des Museums werden in einem seit 1958 geführten Bildarchiv verwahrt, welches datenbankgestützt inventarisiert wird. In den Beständen der Bibliothek des Museums werden historische und aktuelle Informationsquellen verwaltet, die vorrangig die wissenschaftlichen und praktischen Tätigkeiten der Museumsmitarbeiter unterstützen.
Meeresfische sind ein Hauptsammelgebiet des Deutschen Meeresmuseums. Auf vielen eigenen Sammlungsfahrten und in enger Zusammenarbeit mit der Fischerei und Handelsschifffahrt wurde eine bedeutende Sammlung von Meeresfischen aus der ganzen Welt zusammengetragen.
Die mehrere Tausend Objekte umfassende Sammlung besteht aus vorwiegend in Formaldehyd oder Alkohol fixierten Fischen. Herausragend sind Flüssigkeitspräparate wie ein Riemenfisch, ein Kragenhai und einige Tiefseefischarten. Daneben gehören etwa 800 Trockenpräparate, also Mumien, Dermoplastiken, Abgüsse und verschiedene Skelettfragmente zur ichthyologischen Sammlung. Besonderheiten der Sammlung sind der Abguss eines Quastenflossers und dessen Eier sowie Abgüsse großer Haiarten, wie z. B. von Riesenhai, Tigerhai und Fuchshai sowie großer Knochenfische, wie vom Roten Thun, vom Gotteslachs und vom Mondfisch. Historisch wertvoll sind mehrere Trockenpräparate von 1930 aus Chicago, die von der bekannten Fischereibiologin Erna MOHR beschriftet wurden.
Den Grundstock der Hohltier-Sammlung bildeten Steinkorallen, die Museumsmitarbeiter während der beiden "Acropora"-Expeditionen 1976 und 1979 am Roten Meer zusammentrugen. Hinzu kommen systematische Aufsammlungen von D. H. KÜHLMANN aus der Karibik und von den Philippinen und die große Steinkorallensammlung von H. SCHUHMACHER aus dem Roten Meer, der Karibik und anderen Riffregionen der Welt. Sie bilden zusammen mit Oktokorallen aus dem Indo-Pazifik den Schwerpunkt der Hohltiersammlung.
Die Krebse stehen innerhalb der Wirbellosensammlung des Museums mit rund 5000 Objekten nach den Sammlungsbereichen Mollusken und Hohltieren an dritter Stelle im Umfang und in der wissenschaftlichen Bedeutung. Größtes und wertvollstes Präparat ist die Japanische Riesenkrabbe (männliches Tier: 3,5 Meter Spannweite der Scherenbeine). Der große Wert der Crustaceen-Sammlung liegt in der fast vollständigen Mittelmeersammlung.
Im Sammlungsbereich der Meerespflanzen dominieren die Rot-, Braun- und Grünalgen, vor allem aus Nord- und Ostsee, aber auch aus dem Atlantik und aus tropischen Meeren. Daneben existiert ein umfangreiches Herbarium mit Pflanzen des Küstensaumes, vor allen Dingen von der vorpommerschen Boddenküste.
Die Mollusken-Sammlung ist mit über 12 000 Sammlungspositionen die umfangreichste zoologische Sammlung des Deutschen Meeresmuseums. Bedeutende Konvolute sind darin Sammlungsnachlässe der Malakologen F. BORCHERDING und H.v. MALTZAN. Neben den Mollusken der Nord- und Ostsee sind umfangreiche Aufsammlungen aus dem Mittelmeerraum, dem Roten Meer, der Karibik und von afrikanischen Küsten vorhanden.
Im Sammlungsbereich Meeresreptilien ist die 1965 vor Stralsund gefangene Lederschildkröte (Präparat in der Ausstellung "Mensch und Meer") ein Objekt von internationalem Rang in der biologischen Sammlung. Der Kopf und die inneren Organe des Tieres werden in der Flüssigkeitspräparate-Sammlung des Museums bewahrt. Teile des Panzers und das Skelett werden neben weiteren Meeresschildkrötenpanzern - die meisten stammen von der Expedition "Acropora 76" aus dem Roten Meer - und zwei Seeschlangen, die im Aquarium gelebt haben, in der Sammlung bewahrt.
Wesentlicher Schwerpunkt im Bereich der Sammlung mariner Wirbeltiere ist die Spezialkollektion "Robben- und Walfunde aus der Ostsee". Die seit Jahrzehnten systematisch geführte Belegsammlung umfasst alle Skelette von an der deutschen Ostseeküste tot aufgefundenen Kleinwalen (mehr als 400 Präparate) und Robben (mehr als 200 Präparate) einschließlich ihrer wissenschaftlichen Kenndaten. Der Sammlungsbereich Robben/Seekühe beinhaltet vorwiegend Ohrenrobben, Hundsrobben und Walrosse sowie Seekühe aus allen Weltmeeren. Im Zuge der Profilierung erfolgte 1968 ein Austausch von Sammlungsgut mit dem Natur- und Völkerkundemuseum "Julius Riemer". Auf diesem Wege kamen historisch wertvolle Meeressäugetiere wie der Schädel eines Stellerschen Seelöwen, der 1928 bei einer Tierfang-Expedition des Hamburger Tiergärtners Carl HAGENBECK erlegt wurde, ein Südafrikanischer Seebär von 1910, der aus der Lüderitzbucht in Deutsch-Südwest-Afrika stammt und das Skelett des weiblichen Seeelefanten "Freia", der 1939 im Zoologischen Garten Berlin starb, in die Sammlung.
Wichtige Objekte, die aus dem Zoologischen Museum der Universität Greifswald 1968 in unsere Sammlungen kamen sind: Das im Chor der Katharinenhalle hängende Finnwalskelett aus dem Jahre 1825, das Skelett des 1877 vor Hiddensee verendeten Entenwales und ein Schwertwalskelett von einem im Frühjahr 1851 bei Neu-Mukran/Rügen gestrandeten Tieres. Durch die Übernahme dieser drei historisch bedeutenden Walskelette hat das Deutsche Meeresmuseum die Nachfolge der so traditionsreichen Greifswalder Institution als "Wiege der deutschen Walforschung" angetreten.
Stachelhäuter und Schwämme sind in der Sammlung bisher mit einigen Hundert Sammlungspositionen vertreten. Sie gerieten häufig als Beifänge in die Netze der Hochseefischerei und wurden an das Deutsche Meeresmuseum übergeben.
Die ornithologische Sammlung umfasst bisher knapp 1 400 Präparate von Meeresvögeln aus aller Welt und Küstenvögel vor allem aus dem Nord- und Ostseeraum. Von 1960 bis 1990, als das Museum die Staatliche Betreuerinstitution des Naturschutzgebietes "Inseln Oie und Kirr" war, entstand durch Aufsammlung der Totfunde dort eine Belegsammlung von diesen Inseln. Besonders von der Barther Oie trug der Vogelwärter Edmund STURMHOEFEL in dieser Zeit eine lokal wertvolle Sammlung nicht geschlüpfter, tauber und verlassener Eier zusammen, die über 3 000 Stück von 34 Küstenvogelarten umfasst (z. B. 996 Eier von Lachmöwen, die die Variabilität hervorragend zeigen: Kein Ei gleicht dem anderen). Der Bestand einer alten Eiersammlung aus dem 19. Jahrhundert von nahezu allen europäischen Vogelfamilien beträgt etwa 1 500 Stück, darunter teils größere Serien, ganze Gelege und Belege vieler seltener und vom Aussterben bedrohter Arten (leider fehlen darin alle Herkunftsnachweise).