Im Vordergrund steht die Bewahrung ausgewählter Sachzeugnisse der deutschen Küsten- und Hochseefischerei, insbesondere von originalen Fang- und Arbeitsgeräten der vorpommerschen Küstenfischerei und der DDR-Fischerei. Dazu gehören auch originale Fischereifahrzeuge wie der 17-Meter-Kutter "Adolph Reichwein" SAS 95, der 14-Meter-Holzkutter "Margarete" SPA 2 und das Zeesboot STR 9 sowie mehr als 25 verschiedene Arbeitsboote von vorpommerschen Küstenfischern. Weiterhin sind in den Ausstellungen des Deutschen Meeresmuseums zahlreiche wertvolle Modelle von Fischereischiffen vorhanden.

Schwerpunkt ist hier die Bewahrung ausgewählter Sachzeugen auf zwei Gebieten:

• die traditionelle Kutter- und Küstenfischerei in der südlichen Ostsee und
• die Geschichte der deutschen Hochseefischerei.

Die Sammlung in diesen Bereichen ist wesentlich von der Beschaffenheit der noch zugänglichen originalen Exponate abhängig. Beide Sammlungsbereiche beschäftigen sich mit Sachzeugnissen, wie sie zum großen Teilen bereits aus dem landestypischen Erscheinungsbild verschwunden sind. Die Sammlungen besitzen damit einen hohen kulturhistorischen Wert. Die traditionelle Kutter- und Küstenfischerei wird vorrangig durch Originale und Modelle von Arbeitsmaterialien, Fanggeräten und Zubehör, wie sie seit hunderten von Jahren in Gebrauch sind dokumentiert. Wesentliches Element dieser Sammlung sind aber die hölzernen Fischerei- und Arbeitsboote der handwerklichen Fischerei. Hier betreut das Deutsche Meeresmuseum nicht nur die umfangreichste, sondern auch die bedeutendste Sammlung auf diesem Gebiet im Bereich der südlichen Ostsee. Ziel ist es weiterhin die wichtigsten Typen und Entwicklungsstufen im Original zu erhalten. Wichtige Bestandteile der Sammlung sind aber auch die fotodokumentarische Bestandsaufnahme, die zeichnerische Darstellung ausgewählter Exponate und die Dokumentation von Aussagen von Zeitzeugen, um die Exponate der kulturhistorischen Entwicklung und Bedeutung zuzuordnen. Die Sammlungstätigkeit zur Entwicklung der deutschen Hochseefischerei erfolgt durch Fotodokumentation, den Erwerb kleinerer originaler Exponate und durch qualitativ hochwertige Modelle von Fischereifahrzeugen, auch der jeweils modernsten. Ergänzend werden die Sammlungen durch Sachzeugnisse der Fischereiforschung sowohl in Form von Modellen als auch mit Originalen.