Vor dem Start der Bauarbeiten musste zunächst der Boden umfangreichen archäologischen Untersuchungen unterzogen werden. Das Grabungsteam um Leiter Dr. Jörg Ansorge machte dabei in der Katharinenhalle einen bedeutsamen Fund. Unter der versiegelten Oberfläche des Chores trat das Feldsteinfundament einer Vorgängerkirche nach mehreren Hundert Jahren wieder zum Vorschein. Es handelt sich um die Überreste der bisher ältesten nun bekannten Kirche Stralsunds. Der Kirchenchor der heute noch erhaltenen Katharinenhalle wurde zunächst um die Vorgängerkirche gebaut, bevor man diesen Holzbau abriss. An einer weiteren Stelle, an der ein neuer Fahrstuhl entstehen soll, legten die Archäologen Skelette von Bestattungen frei.
Bei Untersuchungen des Erdreichs im ehemaligen Direktionshof vor dem Verwaltungsgebäude sowie im Bereich des geplanten Untergeschosses im inzwischen komplett entkernten Schildkrötengebäude traten zudem eine großflächige Begräbnisstätte und Teile früherer Gebäude ans Tageslicht, die noch näher erforscht werden.
Wo Neues entstehen soll, muss manchmal Altes weichen. Im Jahr 2021 fanden Abbrucharbeiten in verschiedenen Bereichden des MEERESMUSEUMs statt. Dabei wurde u. a. das ehemalige Präparationsgebäude planmäßig abgerissen. In der Zwischenzeit zog das Präparatorenteam des Deutschen Meeresmuseums in das NAUTINEUM auf dem Dänholm um.
Das Forum, in dem sich zukünftig der Eingangsbereich befinden soll, wird zurzeit komplett ausgeschachtet und um ein Kellergeschoss erweitert. Eine Spezialbaufirma soll die dafür notwendige Vertiefung der Wände ermöglichen. Um den neuen statischen Belastungen standzuhalten, werden die Decken der alten Untergeschosse ersetzt und neu betoniert. Bevor all das beginnen konnte, leisteten die Archäologen bei ihren Voruntersuchungen viel Handarbeit. Was die Erde hier preisgab, waren die Überreste einer teils mittelalterlichen und teils jüngeren Bebauung.
